尤其若濃度太高時，完全喪失化糞功能，細菌甚至會死光光，而缺乏活菌的化糞池充其量就只是一個裝便便的大容器，此時不但化糞池將快速累積「水肥」及「油脂」，造成抽水肥的次數及數量大幅增加，並會相繼引發排水管及化糞池等四大後遺症，更多資料請參考我之前寫的廠商不願告訴你的「消毒後遺症」！
 
第二點：停留時間短暫
好氧微生物跟人們一樣，一般微生物可分為好氧型、厭氧型及兼氣型三類，需要在有氧氣環境下才能生存；對厭氧微生物而言，氧氣是他們的毒藥，只要接觸到一點點氧氣就會死翹翹；最厲害的就屬兼氣微生物，不論在氧或缺氧環境，他們都可以自在生活。化糞池因極度缺氧，所以池內的微生物主要為厭氧微生物。